Статус участника «Сколково» и упрощённую систему налогообложения можно совмещать: законодательство не обязывает инновационную компанию переходить на ОСНО. Однако участник «Сколково» на УСН продолжает платить налог по упрощёнке с облагаемых доходов. Льгота по налогу на прибыль его налоговую нагрузку не уменьшает, поскольку сам налог на прибыль при УСН по общему правилу не уплачивается.
Главное в 2026 году: специальная ставка УСН для «Сколково» на федеральном уровне не установлена. Практическое значение статуса при упрощёнке связано прежде всего с возможностью применять освобождение от НДС по ст. 145.1 НК РФ, с отдельными имущественными льготами и со специальным тарифом страховых взносов. Каждый инструмент имеет собственные условия и не включается автоматически только по факту получения статуса.
Можно ли совмещать «Сколково» и УСН
Да. Организация со статусом участника проекта вправе применять УСН, если соответствует общим требованиям главы 26.2 НК РФ. Возможность использовать освобождение от НДС по ст. 145.1 НК РФ при применении упрощёнки также подтверждена письмом Минфина России от 24.01.2025 № 03-07-11/6192.
При этом сочетание «Сколково и УСН» нельзя описывать как одновременное освобождение от налога на прибыль и налога по упрощёнке:
- на ОСНО участник при соблюдении условий может использовать освобождение от обязанностей плательщика налога на прибыль по ст. 246.1 НК РФ;
- на УСН организация вместо налога на прибыль уплачивает налог по правилам главы 26.2 НК РФ, за исключением прямо предусмотренных Кодексом случаев;
- обычная выручка от реализации проекта включается в базу УСН на общих основаниях — отдельного исключения для проектного дохода участника НК РФ не устанавливает;
- не учитываются только поступления, которые прямо перечислены в ст. 251 НК РФ и применимы к УСН через ст. 346.15 НК РФ, например соответствующее установленным условиям целевое финансирование.
Таким образом, резидент «Сколково» на УСН не получает нулевую ставку по упрощёнке автоматически. Статус и налоговый режим действуют параллельно: налог УСН рассчитывается по общим правилам, а специальные льготы применяются отдельно и только при выполнении предусмотренных для них условий.
Какие льготы «Сколково» работают при УСН
| Налог или платёж | Что происходит на УСН | Практический вывод |
|---|---|---|
| Налог по УСН | Проектная выручка облагается на общих основаниях. Федеральной ставки 0% специально для участников «Сколково» нет | Нужно выбрать объект налогообложения и проверить региональную ставку |
| Налог на прибыль | По общему правилу не уплачивается организацией на УСН согласно п. 2 ст. 346.11 НК РФ | Освобождение по ст. 246.1 НК РФ не заменяет и не обнуляет налог УСН |
| НДС | Можно оценить как общее освобождение для УСН, так и специальное освобождение участника по ст. 145.1 НК РФ | Это разные основания с разными условиями и порядком применения |
| Страховые взносы | В 2026 году для участников действует специальная пороговая схема, установленная НК РФ в редакции Федерального закона № 425-ФЗ | Льготный тариф не делится на проектных и непроектных работников |
| Налог на имущество | На УСН уже действует общее освобождение с установленными исключениями, в частности для отдельных объектов с кадастровой базой. Специальную льготу участника следует проверять применительно к конкретному имуществу | Нельзя считать, что любая недвижимость автоматически не облагается налогом |
Почему льгота по налогу на прибыль не уменьшает УСН
Статья 246.1 НК РФ регулирует освобождение участника от обязанностей плательщика налога на прибыль. Налог по УСН — другой налог с собственной базой, объектом и порядком расчёта. Поэтому компания не вправе вычесть проектные доходы из базы упрощёнки лишь на том основании, что при ОСНО они могли бы подпадать под режим ст. 246.1 НК РФ.
Иными словами, формула «льготы “Сколково” плюс УСН дают полное освобождение от налога с дохода» неверна. Если поступление является выручкой и для него нет отдельного основания из ст. 251 НК РФ, оно учитывается при расчёте налога по упрощённой системе.
Нужно ли соблюдать долю проектных доходов 50%
Утверждение о том, что ст. 246.1 НК РФ устанавливает для льготы универсальную долю доходов от проекта не менее 50%, некорректно. В этой статье такого общего критерия нет. Также налоговые льготы не ставятся в зависимость от того, составляют ли расходы на НИОКР 50% всех затрат.
Это не отменяет необходимости вести деятельность в соответствии с одобренным проектом и соблюдать требования Федерального закона от 28.09.2010 № 244-ФЗ. Проектные и иные операции целесообразно разделять в учёте, чтобы подтверждать связь выручки и расходов с заявленной инновационной деятельностью, корректно отчитываться и не смешивать коммерческие поступления с целевым финансированием.
НДС на УСН в 2026 году
С 2025 года организации на упрощёнке признаются плательщиками НДС, но могут использовать предусмотренные законом освобождения. В 2026 году порог общего автоматического освобождения для УСН снижен до 20 млн ₽ дохода. Изменение внесено Федеральным законом № 425-ФЗ.
- Если доход за 2025 год не превысил 20 млн ₽, с 1 января 2026 года действует автоматическое освобождение от обязанностей плательщика НДС по основанию, предусмотренному для УСН.
- Если доход за 2025 год превысил этот порог, автоматического освобождения с начала 2026 года нет.
- Если лимит превышен в течение 2026 года, обязанности по НДС возникают с 1-го числа следующего месяца.
Порог и порядок его применения относятся ко всем плательщикам УСН, а не только к инновационным компаниям. Актуальные разъяснения и показатели необходимо сверять в разделе ФНС России об УСН, поскольку правила НДС и лимиты менялись в рамках налоговой реформы.
Специальное освобождение участника по ст. 145.1 НК РФ
Участник «Сколково» на УСН вправе рассмотреть специальное освобождение от обязанностей плательщика НДС по ст. 145.1 НК РФ. Возможность такого сочетания подтверждена Минфином. В отличие от автоматического освобождения при доходе в пределах общего порога УСН, специальная льгота применяется в заявительном порядке: в инспекцию подаются уведомление и подтверждающие документы.
Право на специальное освобождение связано со статусом участника и установленными НК РФ финансовыми условиями. Для льгот «Сколково» используются показатели годовой выручки 1 млрд ₽ и совокупной прибыли 300 млн ₽ в предусмотренной законом связке. Эти значения нельзя смешивать с общим порогом НДС для УСН: они регулируют разные основания освобождения.
Даже при освобождении могут сохраняться отдельные обязанности по НДС, например при ввозе товаров, исполнении функций налогового агента или выставлении счёта-фактуры с выделенной суммой налога. Перед выбором основания нужно сопоставить выручку, структуру операций, входной НДС и требования к документам.
Какая ставка УСН применяется к участнику «Сколково»
Отдельной федеральной ставки УСН «Сколково» не существует. По общему правилу базовая ставка составляет:
- 6% при объекте «доходы»;
- 15% при объекте «доходы минус расходы».
Регион может установить пониженные ставки для определённых категорий налогоплательщиков и видов деятельности в пределах полномочий, предусмотренных НК РФ. Сам по себе статус участника не гарантирует региональное снижение. В 2026 году возможность применять пониженную ставку следует проверять одновременно по актуальной редакции главы 26.2 НК РФ и по закону субъекта РФ, где организация состоит на налоговом учёте.
Поэтому ответ на запрос «ставка УСН для “Сколково”» зависит не от кластера или наличия статуса как такового, а от объекта налогообложения, региона, вида деятельности и соблюдения региональных критериев.
Как выбрать объект: «доходы» или «доходы минус расходы»
| Критерий | УСН «Доходы» | УСН «Доходы минус расходы» |
|---|---|---|
| Налоговая база | Учитываемые доходы | Учитываемые доходы за вычетом разрешённых и подтверждённых расходов |
| Базовая ставка | 6% | 15% |
| Учёт | Проще, но расходы не уменьшают базу | Сложнее: действует закрытый перечень расходов ст. 346.16 НК РФ |
| Когда обычно рассматривают | Высокая маржинальность, небольшая себестоимость, преобладание собственных разработок | Значительные документально подтверждённые затраты на производство, оборудование, подрядчиков и оплату труда |
| Основной риск | Налог платится даже при высокой расходной нагрузке | Инспекция может исключить затраты, не соответствующие ст. 346.16 НК РФ или не подтверждённые документами |
Расходы на исследования, разработку программного обеспечения, испытания и привлечение исполнителей нельзя принимать к вычету только потому, что они связаны с проектом. Для каждого вида затрат необходимо найти основание в закрытом перечне расходов УСН, подтвердить экономическую обоснованность, оплату и первичные документы.
Сравнивать варианты следует по финансовой модели как минимум с учётом налога УСН, НДС, страховых взносов и вероятной доли неподтверждённых расходов. Простое сравнение ставок 6% и 15% не показывает итоговую нагрузку.
Страховые взносы участника в 2026 году
С 2026 года прежний ориентир на единый тариф 14% для участников «Сколково» использовать нельзя. В редакции НК РФ, сформированной Федеральным законом № 425-ФЗ, применяется пороговый порядок:
- с части выплат работнику в пределах 1,5 федерального МРОТ за месяц взносы рассчитываются по общему тарифу 30%;
- с части месячной выплаты сверх 1,5 МРОТ применяется тариф 15%.
Расчёт производится по каждому застрахованному лицу. Деление работников на «проектных» и «непроектных» для применения этих тарифов законом не предусмотрено. Взносы на страхование от несчастных случаев и профессиональных заболеваний рассчитываются отдельно по правилам социального страхования.
Размер МРОТ относится к изменяемым показателям, поэтому в расчёте нужно использовать федеральное значение, действующее в соответствующем месяце 2026 года, и сверять его по официальным источникам. Также необходимо контролировать наличие статуса и выполнение условий применения специального тарифа.
Лимиты статуса и право на УСН — не одно и то же
У компании одновременно существуют две группы ограничений:
- Условия применения УСН. К ним относятся требования главы 26.2 НК РФ по доходам, численности, остаточной стоимости основных средств, структуре участия и видам деятельности.
- Условия специальных льгот участника. Они регулируются отдельными статьями НК РФ и Федеральным законом № 244-ФЗ.
Соответствие критериям «Сколково» не означает автоматического права на упрощёнку, а право применять УСН не подтверждает сохранение специальных освобождений. Оба набора условий нужно контролировать раздельно.
Показатели 1 млрд ₽ годовой выручки и 300 млн ₽ совокупной прибыли относятся к специальному налоговому режиму участников и едины для направлений проекта. Утверждения об увеличенном лимите 1,5 млрд ₽ для отдельных кластеров не основаны на действующих нормах НК РФ.
Последствия превышения показателей зависят от конкретной льготы. Поэтому неверно утверждать, что любое нарушение всегда прекращает все преимущества задним числом по одному правилу. Отдельно анализируются НДС, налог на прибыль, имущество, взносы и дата прекращения статуса.
Как организовать учёт
Раздельный аналитический учёт нужен не для формального выполнения мифического норматива расходов на НИОКР, а для подтверждения характера операций. Рекомендуется разделять:
- доходы от реализации продукта, лицензий, работ и услуг по проекту;
- поступления от иной разрешённой деятельности;
- целевое финансирование и коммерческую выручку;
- расходы, оплаченные из гранта, и расходы за счёт собственных средств;
- операции, облагаемые НДС, освобождённые операции и операции, не являющиеся объектом налогообложения;
- затраты, принимаемые и не принимаемые при объекте «доходы минус расходы».
В учётной политике стоит закрепить аналитику по проекту, правила распределения общих затрат, перечень подтверждающих документов и порядок контроля налоговых лимитов. Это особенно важно, если компания одновременно получает гранты, ведёт коммерческие продажи и выполняет непроектные договоры.
Гранты и налоги: как учитывать целевое финансирование
Грант Фонда — не обычная выручка, но и не любое безвозмездное поступление автоматически исключается из налоговой базы. Для непризнания средств доходом должны выполняться условия ст. 251 НК РФ, включая целевое назначение, использование по назначению и раздельный учёт.
Если организация не ведёт раздельный учёт либо расходует деньги не в соответствии с условиями финансирования, возникает риск включения суммы в облагаемые доходы. Расходы, произведённые за счёт не учитываемых в доходах целевых средств, также нельзя без дополнительного основания повторно использовать для уменьшения базы УСН.
Правила программы, смета и соглашение о предоставлении гранта должны сопоставляться с налоговым учётом до начала расходования средств. Подробнее о доступных инструментах финансирования можно прочитать в материале о грантах Фонда «Сколково», а специальные налоговые механизмы собраны в обзоре льгот участников в 2026 году.
Как перейти на УСН и что проверить заранее
Действующая организация переходит на упрощёнку, как правило, с начала следующего календарного года, подав уведомление в установленный НК РФ срок. Для вновь созданной организации предусмотрен отдельный срок подачи уведомления после постановки на учёт.
Перед переходом следует проверить:
- соответствие всем ограничениям ст. 346.12 НК РФ;
- доходы и иные показатели, влияющие на право применять УСН;
- налоговые последствия перехода по НДС и ранее принятым вычетам;
- выгодность объектов «доходы» и «доходы минус расходы»;
- наличие региональной пониженной ставки и критерии её применения;
- основание освобождения от НДС в 2026 году;
- порядок учёта грантов и проектных затрат;
- условия специального тарифа страховых взносов.
Лимиты УСН индексируются и меняются законодателем, поэтому их нужно сверять на дату перехода по НК РФ и материалам ФНС, а не брать из публикаций за предыдущие годы.
Типичные ошибки при сочетании «Сколково» и упрощёнки
- Не платить УСН с проектной выручки. Статус участника сам по себе не исключает её из налоговой базы.
- Считать освобождение от НДС автоматическим из-за статуса. Специальная льгота по ст. 145.1 НК РФ требует соблюдения установленного порядка.
- Продолжать использовать порог 60 млн ₽. Для общего освобождения плательщиков УСН в 2026 году применяется порог 20 млн ₽.
- Применять ко всей зарплате ставку взносов 14%. С 2026 года действует новая пороговая схема.
- Искать специальную федеральную ставку УСН для резидентов. Её нет; региональное снижение проверяется отдельно.
- Смешивать грант и выручку. Целевые средства требуют отдельной аналитики и подтверждения использования.
- Контролировать только лимиты статуса. Ограничения УСН и условия каждой специальной льготы проверяются независимо.
Вопросы и ответы
Может ли участник «Сколково» применять УСН в 2026 году?
Да, если организация соответствует общим требованиям главы 26.2 НК РФ. Прямого запрета на сочетание статуса и упрощённой системы нет.
Облагается ли налогом УСН выручка от проекта?
Да, обычная выручка от реализации продукта, работ, услуг или лицензий учитывается в базе УСН. Статус не предоставляет отдельного освобождения проектного дохода от налога по упрощёнке.
Есть ли специальная ставка УСН для «Сколково»?
Нет. Применяются базовые ставки 6% или 15% либо региональная пониженная ставка, если компания соответствует условиям закона соответствующего субъекта РФ.
Нужно ли платить НДС участнику на УСН?
Это зависит от дохода и выбранного основания освобождения. В 2026 году общее автоматическое освобождение для УСН связано с порогом 20 млн ₽. Кроме того, участник может оценить специальное освобождение по ст. 145.1 НК РФ.
Какие страховые взносы действуют для участника в 2026 году?
С выплат в пределах 1,5 федерального МРОТ за месяц применяется общий тариф 30%, а с части сверх этого порога — тариф 15%. Точный расчёт ведётся по каждому работнику с учётом действующего размера МРОТ.
Источники
- Письмо Минфина России от 24.01.2025 № 03-07-11/6192 — применение освобождения от НДС участником проекта на УСН.
- Налоговый кодекс РФ — ст. 145.1, 246.1, 251, 346.11–346.16 и положения о страховых взносах.
- ФНС России: упрощённая система налогообложения — актуальные правила, ограничения и разъяснения по НДС.
- Официальное опубликование правовых актов — Федеральный закон № 425-ФЗ и действующие редакции нормативных актов.
Перед выбором режима полезно составить расчёт по нескольким сценариям: УСН с разными объектами, соответствующее основание освобождения от НДС, страховые взносы и порядок учёта грантов. Это позволяет оценить не номинальную ставку, а полную налоговую нагрузку и риски утраты конкретных льгот.